房间隔缺损手术有极少数的人群可能会存在后遗症，但后遗症的发作几率不能完全确定。

房间隔缺损手术可能会导致患者出现残余的分流，有可能会出现血栓栓塞或者气体栓塞等并发症，有部分的人群还可能会出现穿刺部位出血和心脏压塞。也有的患者会出现头晕、头痛和偏头痛等症状，极少数的人群还有可能会发生溶血性疾病。

房间隔缺损手术之后需要定期到医院做检查，及时了解是否出现后遗症，根据不同的状态选择针对性的治疗措施，才能使症状得到一定改善。