乙型脑炎一般起病比较急，初期发病的典型症状有发热，体温在2天内可以升至39~40℃，伴有精神萎靡、嗜睡、食欲减退、头痛等，病情发展到极期时体温可高达40℃以上，出现神志不清、抽搐。

重症患者会出现呼吸衰竭表现，如呼吸表浅、叹息样呼吸、抽泣样呼吸等。

进入恢复期病人的体温逐渐下降，还会出现持续性的低热、多汗，以及神经损害症状，比如失语、吞咽困难、肢体瘫痪及癫痫等。

5%~20%的重型乙脑患者会遗留后遗症，这种主要有失语、精神失常、痴呆，通过治疗后可以有不同程度的恢复。