尿路感染肾区疼痛，首先要明确病情，再进行治疗。建议完善尿常规、肾功能、泌尿系彩超、尿培养加药敏等检查。如果只是单纯尿路感染引起的肾区疼痛，根据尿培养以及药敏结果选择对致病菌有效的抗生素积极控制感染，感染治愈后，肾区疼痛自然就消失了。

如果尿路感染合并有尿路梗阻，还需要积极解除尿路梗阻的问题，比如有肾结石、输尿管结石，可以考虑体外超声碎石术排石。如果结石大于2.5cm，则往往需要手术取出结石，如果结石在肾盂或下肾盏处，可用微创手术经皮肾镜取石或碎石治疗。

如果结石卡顿在输尿管中下段，可经尿道逆行输尿管镜下取石或碎石术治疗。如果是肾脏肿瘤合并尿路感染引起的肾区疼痛，积极抗感染的同时需要外科手术切除肾脏肿瘤。