诊断隐孢子虫病首先要判断发病的症状，症状的严重程度与病程长短取决于病人的机体免疫功能。

腹泻是主要的症状，轻症的病人持续时间短，一到两周后症状消失，但粪便仍有虫卵，免疫缺陷的病人症状较重，腹泻严重，量多，伴有剧烈的腹痛。通过症状可以进行初步的判断，然后进行实验室检查，粪便的直接涂片检出卵囊就可以确诊。

还可以进行免疫学检查，采集粪便或者血清作为标本，免疫学检查的特异性和敏感性都较高，可以作为辅助诊断的方法。