小睑裂可能会同时伴有一系列眼部或者全身性发育不良的疾病。

小睑裂综合征是一种常染色体显性遗传的疾病，其全名为小睑裂-上睑下垂-倒向型内眦赘皮综合征。除了上述症状之外，部分患者可能会有小眼球、睑内翻、睑外翻、眼球震颤等先天性眼病。

小睑裂长期无法矫治时，可能会遮盖部分瞳孔，导致患者在视力发育阶段出现弱视、斜视、眼球转动受限等病变，也有部分患者会有明显的智力发育异常。小睑裂患者即使进行手术修复，外观上也可能存在明显的异常。