对于慢性输卵管卵巢炎可以使用药物治疗选用青霉素、庆大霉素、抗生素，可以将残留的致病菌杀死，并可以预防急性发作，如果出现粘连情况的患者，可以使用透明质酸酶、糜蛋白酶和地塞米松，消除坏死组织血肿或者其他的分泌物增加疗效如果是比较急性的炎症急性发作的时候，可以采用肾上腺皮质激素与抗生素联合使用。

治疗慢性输卵管炎的急性发作，对热的良性刺激可以促进盆腔的血液循环改善局部的组织营养状态，也有利于炎症的吸收和消退，常用的有短波、超短波红外线等，如果炎症引起较大的输卵管积水或在输卵管卵巢囊肿的患者可以进行手术治疗，对于输卵管阻塞造成不孕，可以行输卵管修复手术。