打流感疫苗后高烧39℃，可能与流感疫苗的不良反应有关。可以在医师的指导下应用退热药物治疗，比如布洛芬或者对乙酰氨基酚等，以免因持续高烧影响正常的工作和生活。服用上述退烧药物后，不仅可以起到退热作用，而且有利于改善身体酸痛、头痛等不适症状。

除此之外，可以配合冰敷、温水擦浴等方式，控制体温进一步升高，要多喝温水，房间保持适宜的温湿度，避免受到冷空气刺激。

如果不确定发烧是否与流感疫苗有关，需要尽快就诊，排除是否由其他因素导致，避免擅自应用抗生素等药物。