白塞氏综合征的确诊往往比较困难，因为并无特异性的检查指标来确诊疾病。

往往要根据患者具体的临床症状表现，结合相应的一系列的辅助检查等，在排除其它感染性疾病、肿瘤性疾病和其它的自身免疫性疾病，如系统性红斑狼疮、干燥综合征其它的血管炎之后才可以确诊。

患者往往会存在反复发作的口腔溃疡、外阴、生殖器溃疡以及眼炎，关节炎症，还可能出现发热、乏力、体重下降等表现，再结合抗核抗体阴性以及排除了肝炎、结核等特异性感染后，就可以诊断。