龟头上长水泡有点疼痛，常见于过度摩擦刺激所引起，比如经常穿紧身裤子、所穿的内裤面料质地较硬，或者是频繁性生活等，都可导致龟头局部频繁过度摩擦，进而造成龟头部位出现小水泡，并伴有明显疼痛症状。

也可见于龟头炎，该病可导致患者的龟头局部长有水泡，而且伴有明显瘙痒、疼痛、分泌物增多等表现，甚至严重者可造成龟头局部皮肤产生糜烂、渗出样改变。

另外，还可能为疱疹病毒感染，大多都是由于不洁的性行为所引发的感染，在受到疱疹病毒感染后，可导致患者的龟头上方出现簇集状分布的小水泡，并伴有明显疼痛感。