咽部乳头状瘤有一定的几率可以自愈，但是几率比较小，这由于咽部乳头状瘤的患病原因决定。

咽喉部位的乳头状瘤，主要是人乳头瘤病毒感染所引发，人体的免疫力具有杀灭病毒的能力，咽喉部位的人乳头瘤病毒可能会被免疫力清除，如果免疫力可以及时清除病毒，因此出现的乳头状瘤等增生物质也有可能自愈。

由于乳头状瘤的出现，多数由于长期且持续性的病毒感染导致，因此，身体免疫力自行清除病毒的可能性比较小，往往需要手术切除。