肛肠科最常用的检查手段就是肛门的指诊检查，能够发现大多数的肛门部疾病，比如直肠癌、痔疮的情况，医生戴手套沾取润滑剂通过直接触诊的方法来检查疾病，这种费用很少也就是十几块钱。

另外还有肛门镜检查，是利用镜子采取直接观察的方法来检查肛门部的疾病，检查费用也较低大约为几十块钱。

还有电子肠镜的检查，可以检查较深处的肠道疾病，检查前需要行心电图、血常规、血凝、感染四项等方面的检查，检查费用相对较高，总费用大概需要几百元不等。