小儿脑炎常见的病原菌有细菌、病毒、结核杆菌及真菌。

细菌以脑膜炎双球菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌等感染常见。病毒以肠道病毒、单纯疱疹病毒、虫媒病毒、腺病毒、巨细胞病毒、麻疹病毒等感染常见。真菌以隐球菌感染常见。

当这些病原菌感染呼吸道或皮肤后，进入血液，然后通过血液流动，通过血脑屏障到达大脑后，致病菌大量繁殖，引起大脑各部分组织感染受累，从而就引起了脑炎、脑膜炎。