从病因上来看，骨筋膜室综合征常见于肢体外伤长期受到压迫，而血栓一般见于肢体长期制动导致的。

症状来看，骨筋膜室综合征导致肢体肿胀，为突然出现的剧烈肿胀，皮肤可能出现张力性水泡等；而血栓引起的肢体肿胀一般为逐渐肿胀。骨筋膜室综合征及动脉血栓都有肢体苍白、麻木及感觉异常等情况。但是骨筋膜室综合征出现上述症状的同时，还伴随着肢体活动障碍的情况；而血栓引起的很少出现肢体活动障碍。

通过按压肿胀部位的肌肉，骨筋膜室综合征会出现肌肉剧烈疼痛，而血栓很少出现肌肉疼痛的情况。