咽喉长期疼痛可能有以下的原因：

1.慢性扁桃体炎或者慢性咽喉炎反复发作。这种有可能与不良的饮食习惯或者长期接触有毒、有害的气体，或者空气过于干燥等诱因可能有关系。长期存在咽喉部的慢性炎症刺激，扁桃体长期慢性充血，可以导致总是感觉嗓子疼，尤其在吃饭说话的时候，可能比较明显。

2.有可能与咽喉部的恶性肿物有关系，比如下咽癌、喉癌等相关的疾病。癌症部位出现了破溃，这种破溃不能自行愈合。如果没有及时发现并且治疗，这种疼痛将持续存在。

3.有可能与茎突过长症有关系。当吞咽、转头的时候，会出现单侧的疼痛感，这种疼痛感应用药物等治疗没有效果。