引起肛周肿胀的原因各不相同。因此，也可能会引起严重程度不一的并发症。最常见的引起肛周肿胀的疾病是肛周脓肿。

肛周脓肿分为浅部的肛周脓肿和深部的肛周脓肿。一般浅部的肛周脓肿，发展到一定程度，会自行破溃、流脓，形成肛瘘并发症。而部分深部的肛周脓肿不会自行破溃，可能会将感染转移至全身，形成败血症等严重并发症。

引起肛门肿胀的还有很多其它的原因，比如肛窦炎、痔疮、肛周的软组织非化脓性感染、骶尾部藏毛窦、肛周化脓性汗腺炎等。如不经及时治疗，都可能会导致或轻或重的并发症。