上颚疼痛有黄痰的原因有以下几个：

首先，考虑患者本身有慢性咽喉炎等疾病，生病过程中患者上颚黏膜是处于充血的状态。同时与患者的饮食和作息习惯有一定关系。

其次，患者吃饭时烫到上颚的黏膜，导致会有炎性渗出物形成，使患者会有疼痛感。

再次，可能是患者的上颚处有新生物形成，会分泌许多痰液。

无论是上述哪种原因导致，建议患者到医院就诊，可以到耳鼻喉科、口腔科做相关检查以及血常规、生化检验等检查，确诊病因对症治疗。