怀孕三个月做彩超检查，是只能发现部分胎儿畸形的问题，而不是全部。

怀孕三个月时，宝宝毕竟是太小了，这么早的检查只是有可能发现一部分很明显的严重的畸形问题，比如严重的心脏发育畸形或者是脊柱发育畸形或者是无脑儿等头颅发育畸形的问题。细小结构的畸形问题在这个时间段是不容易被发现的，所以只能是做好以后定期的产前检查。

每一次的产前检查或者是包括彩超检查，都是有可能发现异常问题的可能。尤其是在怀孕20~26周的时间做大排畸的四维检查，是能够发现大部分的畸形问题。也有一部分畸形问题是在孕晚期的彩超检查中发现的。