小儿肠梗阻手术后遗症有：

第一，如果伤口被细菌所污染，手术之后可能会出现伤口感染延迟愈合，愈合后留下比较大的疤痕。

第二，部分患儿手术之后再发肠梗阻可能，因为原有疾病可能再次会发作，或者因为肠道炎症引起肠粘连。

第三，部分患儿手术中可能切除了肠管，进行了肠吻合或者肠造瘘。术后可能出现吻合口瘘，长期不愈，还有可能导致生命危险。如果切除肠管过多，术后可能出现短肠综合征，导致患儿营养不良、发育迟缓，终身只能吃流质饮食，部分需要肠造瘘的，只能通过肛门袋排便，严重影响生活质量。