如果在深呼吸的时候感觉到头痛，考虑与气短引起脑缺氧有关系。

首先要看临床上是否有呼吸系统的问题，是否有气短的原因导致，如哮喘、支气管肺炎等。是否有心脏方面原因，如冠心病、心绞痛。

所以如果在深呼吸的时候出现头痛的临床症状，首先建议最好检查一下胸片、肺功能，检查血压、检查心电图、血常规等。根据情况进行诊治，同时要注意保持良好的饮食生活习惯，保持充足的睡眠，对症用药进行治疗。