肾胚胎瘤的手术治疗主要是患肾切除术，而手术术后的病理分期为治疗提供了重要信息。肾胚胎瘤是小儿恶性实体肿瘤中应用手术、化疗和放疗进行综合治疗最早、效果最好的，单一的手术治疗效果并不理想。

肾胚胎瘤的手术和普通的肾切除术在花费上差别不大，一般需要两万元左右。随着技术水平的提高，目前腹腔镜手术应用广泛，但是腹腔镜手术要用到超声刀、腹腔镜下用结扎夹等一些特殊的医疗耗材，所以一般情况下腹腔镜的手术治疗比开放手术贵五千元到一万元。