1、阴茎畸形，阴茎头扁而宽、呈铲状，阴茎背曲、短小、包皮背侧缺乏而腹侧堆积。

2、尿失禁，因后尿道前壁组织的缺损及尿道括约肌发育不全，约50%以上的尿道上裂病人有尿失禁。

3、性功能障碍，阴茎勃起时弯向背侧，并可伴随勃起剧烈疼痛，大多数不能性交。

4、耻骨联合分离，正常耻骨联合为软骨性连接，而尿道上裂耻骨联合分离变宽，左右耻骨之间仅有一些纤维组织相连。

5、女性尿道上裂可出现阴蒂分离、阴唇广泛分开、耻骨联合分离和尿失禁，并且常伴有尿路感染。