肛周脓肿的检查方法分为临床检查和辅助检查。

临床检查可见肛周脓肿处的红、肿、热、痛表现。脓肿形成后有波动感，在有波动感和压痛最明显处，用注射器穿刺抽出脓液，可以确诊肛周脓肿。

还可以用肛门镜检查，观察到直肠黏膜下脓肿和肛内的原发感染病灶；辅助检查可以做直肠腔内超声检查，能够准确诊断肛周脓肿；做肛周核磁共振，可观察脓肿的范围和位置；还可做血常规化验，根据白细胞计数，确定患者感染的程度。