如果女性检查彩超以后，发现有3.5厘米的卵巢囊肿，一般可能都不需要做特殊的处理和治疗。而是在月经干净以后再次复查彩超，看囊肿的增大变化情况。

有些卵巢囊肿可能是生理性的黄体囊肿，在月经干净后就会消失。有一些是雌孕激素刺激引起的普通卵巢囊肿，由于囊肿并不是特别大，而且对女性的身体可能也不会造成特殊的不良影响。

所以可以不用做特殊处理治疗，也可以考虑服用桂枝茯苓丸、金刚藤胶囊等这些中成药来抑制卵巢囊肿的快速增长。