三个月的宝宝如果出现拉肚子，应该及时到医院做大便常规检查，并由专科医生体检后再使用药物治疗。三个月的婴儿拉肚子可能是腹部受凉，或者饮食不当而导致胃肠功能混乱，可以通过口服益生菌调节肠道菌群。

另外，如果婴儿是由于乳糖不耐受而引起的腹泻症状，建议吃乳糖酶或者更换为无乳糖奶粉进行调节。但如果是因为蛋白质过敏症诱发，则建议选择吃氨基酸奶粉或深度水解蛋白奶粉。

另外，如果有的婴儿是因为肠炎而引起拉肚子，则需要通过大便的检查明确具体感染原，再选择适合的抗感染的药物进行治疗。