肺脓肿咳嗽可通过抗炎治疗及体位引流痰液治疗缓解。

临床上多采用抗生素进行治疗，在大多数情况下，抗生素最初是通过静脉给药的，当患者病情好转且症状缓解后可改为口服给药。直到症状完全消失且胸部X光片显示脓肿已经清除，才可停止使用抗生素治疗。在使用抗生素之前，应对血、痰等标本送检，做病原菌培养及药物敏感性试验。

对于特殊病原体引起的肺脓肿，应根据病原体的种类不同而予以不同的抗感染治疗方案。部分患者在抗生素治疗效果不佳或肿瘤过大时可进行经皮肺穿刺引流，或者手术治疗。