含牙囊肿的症状根据其大小而有所不同。

一般情况下，小的含牙囊肿患者可以不出现任何临床症状，患者多在常规影像学检查中发现并确诊。而大的囊肿不仅会让患者的颌骨出现膨胀肿大，还会引起相邻牙齿的移位。

若囊肿再大些，患者还会出现面部的不对称或是畸形，部分患者可出现咬合障碍，引起咀嚼困难。含牙囊肿的患者若出现了继发感染，患者还会有牙周及面部的疼痛或是肿胀。