女性在怀孕期间如果检查发现胎儿畸形，其引起的原因可能特别多，有可能是因为在怀孕期间孕妇受到某些化学、物理等各种有毒、有害的化学物质刺激，导致胎儿的基因发生突变，从而引起的畸形出现。

但是也有可能是因为胎儿的染色体先天发育异常，从而引起的胎儿畸形；还有可能是由于孕妇在怀孕期间服用了一些特殊的容易导致胎儿致畸的药物，也会导致胎儿畸形的发生。

同时对于有妊娠期糖尿病的女性，如果血糖一直过高也可能导致胎儿畸形的出现；还有一些怀孕晚期羊水特别少的女性，又没有及时进行检查，也会因为子宫壁的压力导致胎儿畸形。