药物治疗痔疮，依据不同的药物作用，具有不同的副作用。比如痔疮并发感染时，依据细菌培养所采取的抗生素，具有不同程度的副作用，如肝毒性和肾毒性，所以，要严格保证临床药物适应症。

在临床治疗痔疮的过程中，可采用大量的中药制剂熏洗或者坐浴。这些中药制剂可以通过皮肤吸收，进入人体循环，尤其在女性患者哺乳期，可通过乳汁传输给婴幼儿，造成不可预知的副作用。

长期便秘的痔疮患者，经常采用导泻剂缓解症状，容易造成肠道黑变的副作用。