急性化脓性胆管炎有并发症。比较常见的并发症是菌血症、黄疸以及腹膜炎。也可能会出现肝脓肿以及多器官功能衰竭，表现为肝功能衰竭、呼吸功能衰竭。

菌血症的产生主要是病原菌进入血液系统后，在人体的血液繁殖并且全身传播上。假如细菌感染停留在肝脏有可能会引起肝脓肿。黄疸出现的时间以及黄疸的严重程度，可能与胆道梗阻的部位以及梗阻持续的时间有一定的关系。腹膜炎的患者有可能会出现腹痛、腹肌紧张以及恶心、呕吐、胃寒发热等症状。