脑干梗塞可能会有意识障碍、肢体活动障碍或者生命体征不稳定等后遗症：

第一，脑干结构内有上行激活系统，在正常情况下患者会处于清醒的状态，但是在脑干梗塞损伤激活系统受到损伤，患者可能会出现意识障碍的发生。

第二，伴有肢体活动障碍的后遗症，支配身体活动的神经传导通路都需要通过脑干。当脑干梗塞后会使传导通路受到损伤就可能表现为肢体的麻木、活动不能症状。

第三，呼吸心跳等生命活动的中枢位于脑干。当脑干梗塞引起这些中枢损伤后，会出现自主呼吸心跳变化或骤停的情况，这些后遗症往往较为严重难以恢复。