膀胱憩室根据病因的不同，可以分为先天性膀胱憩室和后天性膀胱憩室。两者的病因各不相同。

先天性的膀胱憩室主要是由于膀胱壁的基层变薄，从而使得膀胱壁膨出形成憩室，而后天性的膀胱憩室般是由于存在有下尿路梗阻性的疾病。由于下尿路梗阻会造成膀胱排尿阻力增加，长期的排尿阻力增加会使得膀胱壁从憋尿肌之间的薄弱部位碰触，形成膀胱憩室。比如说临床上常见的严重的尿道狭窄的患者，或者是重度前列腺增生的患者随着时间变长通常会形成膀胱憩室。