怀孕40天能否做人流，应当根据实际情况而定。

如在再进行B超检查时，发现宫腔内的孕囊较小，直径小于1cm，由于孕囊较小，一般不考虑进行人工流产。因为在流产时可能会导致漏吸，导致人工流产没有效果，妊娠继续进行。

如果在进行检查时，发现孕囊直径大于1cm，可以考虑进行人工流产。在怀孕40天时，如果孕囊较小，不适合进行人工流产，可以考虑进行药物流产。无论是进行人工流产还是药物流产，在流产后都需要做好各方面护理，避免引起一些并发症。