血清碱性磷酸酶目前在临床上主要用于梗阻性黄疸、胆汁淤积性肝炎，以及肝癌等疾病的检查。由于血清碱性磷酸酶需要经过肝脏代谢，然后由胆汁排出，在这个过程中任何环节出现差错，都有可能引起血清碱性磷酸酶增高。

临床上比较常见的疾病有肝硬化、肝细胞癌、胆管疾病、慢性肝炎、脂肪肝、病毒性肝炎、酒精性肝炎、药物性肝损害、肝炎病毒以外的肝损害、原发性胆汁性肝硬化、其它肝内胆汁瘀滞、阻塞性黄疸等。

由于骨组织中此酶亦很活跃。因此，孕妇、骨折愈合期、骨软化症、佝偻病、骨细胞癌、骨质疏松等血清碱性磷酸酶会升高。