月经结束后有褐色分泌物的原因是：月经没有完全排干净、内分泌混乱、经血不畅等。

1、月经没有完全排干净，有些女性在月经结束一两天后还有回经的现象，此时表现为褐色白带，这样的情况属于正常生理现象，不必太过担心。

2、内分泌混乱，如果内分泌出现混乱，月经结束后就有可能产生褐色分泌物，这主要是月经不调、白带异常导致。

3、经血不畅，月经期间如果女性出现血色发黑，主要是由于经血不畅导致的，所以在月经结束后多多少少还会有一些血量排出，也就是褐色分泌物。