早上醒来两只手麻木的原因有很多，可能是因为局部的病变，比如肘管综合征、腕管综合征或者是因为中枢神经系统病变尤其是脑血管病、脑肿瘤，出现上述症状时，应及时就医，完善相关的神经体格检查、磁共振成像检查以及肌电生理检查等明确诊断。

如果是因为肘管综合征、腕管综合征，可以通过肌电生理明确诊断。如果是脑部肿瘤或者是脑血管疾病，还会出现身体的麻木、头痛、意识丧失等症状，要通过影像学检查，根据疾病的部位、类型，选择合适的治疗方案。

也有可能早上醒来两只手麻木，是因为长时间保持一个睡姿所造成的短暂性的缺血，要注意保持正常的睡姿缓解症状就可以。