脑膜炎的确诊要结合病史、患者的症状体征、脑脊液的化验结果、脑脊液的病原学检查，来综合作出诊断。

先要有急性、亚急性起病、上呼吸道或胃肠道感染的病史，还有发热、畏光、肌肉酸痛、食欲减退、腹泻、全身乏力等病毒感染的全身症状，头痛、恶心、呕吐、颈部僵硬等脑膜刺激征的表现。脑脊液化验，可以发现细胞学的异常或者是糖、蛋白、氯化物的含量异常。最后，也是最重要的，如果脑脊液中查见细菌、病毒、真菌，或者结核杆菌，就可以确诊脑膜炎的病因。

病毒性脑膜炎的预后最好，而真菌性脑膜炎的预后最差。