导致射精疼痛的原因如下：

1.器质性病变。比如精囊炎、前列腺炎、后尿道炎或者是泌尿生殖系统结核等疾病，会导致男性在射精时出现射精疼痛，疼痛的部位可能为会阴部、阴茎头部以及阴茎根部等。

2.功能性因素。比如男性性生活过于频繁或者是在性生活时动作较大，采取了暴力性生活，可能会导致输精管、精囊等部位出现损伤，就可引起射精疼痛。

3.心理因素。如果男性存在多次失败的性生活或者是在工作当中精神压力过大，在性生活时有可能会引起会阴部肌肉痉挛性收缩，也会导致射精疼痛。