首先，双肾囊肿是双侧单纯性肾囊肿，还是双侧多囊肾，因为它们的治疗方法不同。

如果是双侧单纯性肾囊肿，主要根据其肾囊肿体积大小决定治疗方案。如果双肾囊肿的体积相对较小，不会对患者产生严重影响，也不会引起患者的特殊不适，对于这样的病人，可以进行定期观察和复查。如果双侧肾囊肿体积相对较大，同时出现腰部胀痛和不适，如直径大于4cm时，则可考虑腹腔镜囊肿切除减压手术。

对于多囊肾，经常需要积极治疗。主要是对其一些并发症以及一些疾病进行针对性治疗，从而延缓多囊肾疾病的进展。