慢性肾盂肾炎的治疗往往采取的是综合治疗措施，包括一般治疗、手术治疗和药物治疗。

一般治疗就是指患者在日常的生活中要勤排尿，多饮水，不要憋尿，以清淡饮食为主，积极锻炼身体，加强体质，增加抵抗疾病的能力，注意会阴部的清洁与卫生。

手术治疗是指很多有慢性肾盂肾炎患者，往往存在有先天性的尿路解剖的异常，或者合并有肾积水、肾结石、肾肿瘤、前列腺增生等复杂性的尿路结构的异常。对于这种异常，通过手术治疗，可以减少肾盂肾炎急性发作。

药物治疗是指针对慢性肾盂肾炎急性发作时，使用抗生素治疗，一般选用对革兰氏阴性杆菌有效的药物。