睫毛腺囊肿主要是由于内部分泌物，凝固、聚集堵塞腺口导致。

睫毛腺即睑板腺，是眼睛分泌油脂的结构，当患者眼表环境出现异常的时候，会影响到睫毛腺，导致睫毛腺体分泌的油脂形成脂肪栓塞，堵塞睫毛腺的腺口。因此内部仍然具有分泌功能，后续分泌的物质无法排出导致睫毛腺囊肿。

还可能是发生睫毛腺感染，导致内部存在细菌分泌物形成脓肿，建议及时就医，在医生指导下使用抗生素类的药物，治疗睫毛腺囊肿。