常见的治疗牙周炎的药物，一般分为全身应用的药物和局部治疗的药。

像甲硝唑类为常见的全身用药，部分患者会出现胃肠道的反应，恶心、呕吐，长期服用，会引起一过性白细胞减少等症状。还有四环素类药物，也有常见的胃肠道反应、肝肾功能损害、牙齿着色等。

还有治疗牙周炎，常用的含漱类药物，像氯己定类的，长期使用，可能会引起牙齿和舌背部的黏膜着色。有些患者长期使用，会出现一过性的味觉改变，感觉口腔内苦，也有患者有黏膜烧灼的感受。