小肠重复畸形的治疗，消化道重复畸形手术是唯一的根治方法：

一、肠管及其所依附的肠管一并切除，适用于重复肠管及其所依附的肠管有共同的肌层和血运。

二、单纯重复畸形器官切除，适用于重复器官有独立的血供。与正常器官不相连易分离的患者。

三、重复畸形剥离术，适用于重复畸形切除困难时，不能完全剥离粘膜，可以用2.5%的碘酒烧灼。

四、重复畸形内引流术，适用于大的胃和十二脂肠重复畸形。

五、肠造瘘，对于病情危重的患者可以行肠造瘘，二期决定治愈的方式。