肛周脓肿手术风险性不高，但是操作不当也会出现一些并发症。尤其是深部脓肿，手术处理不当，会损伤肛直肠环，影响排便功能，造成大便失禁。

肛周脓肿手术方法有切开引流术，适用于高位脓肿；而且全身症状重的患者，切开挂线术适用于所有高低位脓肿；一次性切开术，适用于肛周皮下脓肿、低位肌间脓肿。

肛周脓肿手术时，尽量找到内口处理内口，避免形成肛瘘，引流要充分、通畅，不留残存脓腔。