高热39度可能会引起扁桃体炎的发作。首先出现高热39度大部分是由于感染引起的，尤其见于细菌感染和病毒的感染。当感染较重或者未系统治疗的时候病情加重，病菌会蔓延至扁桃体，最后会引起扁桃体炎的发生。

其次，当出现高热的时候，病情持续时间较长，会导致身体的免疫力迅速下降，寄居于口腔和扁桃体的病毒和细菌会大量繁殖，导致扁桃体炎的发病。

建议患者高热时及早找出病因，进行对症治疗，发生高热时应用药物及物理降温进行退热，避免病情加重。