大多数核磁共振平扫吃饭、喝水不要紧。但是核磁共振扫描项目非常多，而且要求非常繁琐。例如肝胆脾平扫、胰胆管水成像、增强核磁共振检查等一些有特殊要求的检查，不能吃饭，不能喝水。如果有避孕环，扫描腰部会产生伪影。

有假牙的患者，扫描脑功能成像时会变形。有些患者不知道自己什么时候某些部位崩进铁屑，一扫描图像为黑色，无图像显示，考虑有金属异物，患者才知道此事。

有些患者有幽闭恐惧症，一进扫描位置就心慌、憋闷、无法呼吸，甚至爬出机器，而且男性居多。而且有心脏起搏器、支架、金属钢钉、钢板都不能做核磁共振。所以，核磁共振检查不是所有患者都能做此项检查，而且不是急诊检查项目。