功能性消化不良与胃炎是有明显区别。

功能性消化不良，在镜下表现为胃黏膜完整无损，不会充血、糜烂等。胃炎在镜下表现为充血、发炎，糜烂。引起胃炎，可能是幽门螺旋杆菌感染、药物以及辛辣刺激食物，对胃黏膜的刺激导致。功能性消化不良主要与过度焦虑、压力过大、抑郁诱发。

在治疗上也有区别，功能性消化不良，主要调整饮食、情绪、服用促胃动力的药物治疗。胃炎则需要服用抑制胃酸、胃黏膜保护剂、促胃动力药物治疗。