植物神经紊乱是功能性的疾病，通常没有器质性病变，一般根据患者的主诉去排查相应系统的疾病。

通常如果患者胸闷、气短、心慌，则需要完善心电图、24小时动态心电图、心脏彩超。如果患者腹胀、食欲减退，则需要完善胃镜、肠镜、腹部彩超。如果患者尿频，需要完善尿常规、尿培养及泌尿系的彩超。通常经过完善的检查，大多没有阳性的表现，故而考虑植物神经紊乱。

另外，植物神经包括交感和副交感神经，临床上可以通过竖毛反射、划痕实验和体位性低血压来反映植物神经功能。