隐性脊柱裂会引起腰疼。

因为隐性脊柱裂主要就是代表脊椎出现有不稳的情况。如果是脊椎不稳时间或者伴随着经常久坐、久站，经常腰部干一些重体力活或者做剧烈运动等情况是有可能会加重。腰椎不稳的情况而导致有相对应的腰椎间盘突出、椎管狭窄，或者导致周围的腰肌出现有劳损的情况而导致腰疼。

一般如果是腰椎间盘突出或者椎管狭窄，通常疼痛的部位是在腰椎中间的位置。如果是腰肌劳损，一般疼痛的部位都是在腰部两侧的肌肉的地方出现疼痛。如果要判断具体的病情，建议到专业的骨科或者是脊柱外科的医师那里就诊，做相关的检查来明确诊断，然后再做相对应的治疗。