虹膜囊肿包括先天性、外伤植入性、炎症渗出性和寄生虫性虹膜囊肿。其中以外伤植入性最常见，是由于眼球穿通伤或内眼手术后，结膜或角膜上皮通过伤口进入前房，种植于虹膜并不断增生所导致。对于没有症状或较小的虹膜囊肿可以密切观察。

如果引起前房炎症渗出，可以给予糖皮质激素局部治疗。对于浆液性囊肿，可以用较小能量的激光击穿囊壁。对于比较大的囊肿，或引起青光眼等继发性改变的虹膜囊肿，可以经角膜缘切口，做一包括整个囊肿在内的虹膜切除手术。注意虹膜囊肿容易被误诊为黑色素瘤，注意区别。