导致小便时尿道刺痛的因素有很多，不同的病因，治疗的药物也不相同。

如果是急性膀胱炎导致的尿道刺痛，通常为细菌感染引起，通常使用喹诺酮类的药物进行治疗，比如左氧氟沙星、环丙沙星等。

如果小便时尿道刺痛为淋菌性或非淋菌性的尿道炎所引起，应当先确定致病菌的类型，然后再选用相应的抗生素类药物治疗，比如头孢菌素类或大环内酯类的抗生素类药物。对于慢性前列腺炎所导致的尿道刺痛，可通过使用坦索罗辛、前列舒通胶囊等药物进行针对性的治疗。